El conjunto de Tapices de la Concatedral de San Juan fue un regalo del Gran Maestre aragonés Ramón Perellos y Roccaful a la iglesia, tras su elección en 1697. El Estatuto de la Orden indicaba que, en su nombramiento, los Grandes Maestres recién elegidos debían presentarse en la iglesia conventual de la Orden con un regalo. Los tapices constituyen el mayor grupo completo de todo el mundo; se trata de un conjunto de veintinueve piezas encargadas al telar de Judocus de Vos, en Bruselas, que llegó a Malta hacia 1702.

Los tapices representan el triunfo de la eucaristía y escenas de la vida de Cristo. Los diseños de los mismos sobre la eucaristía tuvieron como base los cartones realizados por el artista flamenco Pedro Pablo Rubens, realizados inicialmente para la infanta Isabel de España. Las escenas que representan la vida de Cristo se basan en otras maestras de Rubens y Poussin. Catorce paneles representan a la Virgen María, Cristo el Salvador y los Apóstoles, mientras que el retrato de cuerpo entero del Gran Maestre Perellos completa el conjunto. Los tapices se realizaron para ser colgados del marco en la nave de la iglesia durante celebraciones importantes, como la festividad de San Juan Bautista. De más de seis metros de altura, fueron íntegramente tejidos con fibras de seda y la más fina lana. Sus grandes dimensiones y el exuberante carácter de los diseños hacen del conjunto una de las más espectaculares interpretaciones del arte barroco, que confirió la ornamentación más deslumbrante a la iglesia. El conjunto de tapices fue uno de los regalos más destacados que recibiera la iglesia, y son muestra de la supremacía de la Iglesia Católica y de la generosidad del Gran Maestre y de la Orden.

No se expone.