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 1. Entrada desde Republic Street

Los visitantes pueden entrar a la iglesia y al museo desde esta calle principal de La Valeta, Republic Street. Ahí es donde se encuentra la taquilla y el personal disponible para ayudarle.

2. La Capilla de la Lengua Anglo-bávara

En su origen, la capilla dedicada a la Lengua anglo-bávara fue el santuario donde la Orden conservaba sus reliquias sagradas, pero la humedad de esta capilla hizo que tuvieran que ser trasladadas a la sacristía. El retablo representa a San Carlos Borromeo, Cardenal Arzobispo de Milán y conocido renovador de la fe católica, en su presentación a la Virgen María.

La ornamentación de la capilla comenzó en los primeros años del S. XVII, por Fray Raymundo de Vere, bailío de Mallorca, que legó fondos para la capilla en su testamento de 1598. El friso presenta una inscripción sobre su donación, mientras que su escudo de armas fue colocado sobre la cornisa. La reja de bronce instalada sobre la balaustrada de mármol perteneció en su día a la capilla de Filermos. Fue traída a esta capilla cuando la reja de plata sustituyó a aquella.

El retablo fue diseñado para albergar dos inusuales ataúdes con las reliquias de santos. El altar se instaló en 1739 y es típico del barroco tardío. Dentro de la mesa del altar se depositaron todos los restos de San Clemente, regalo de Fray Vincenzo Rospigliosi en 1669. Además, el altar contiene un crucifijo de bronce dorado procedente del taller de Alessandro Algardi, renombrado escultor romano.

La capilla contiene solo una lápida, que pertenece a Fray François Collongue de Foresta, fallecido en 1687.

3. La capilla de la Lengua de Provenza

La capilla de la Lengua de Provenza está dedicada al arcángel San Miguel. El retablo del altar de piedra pertenece a la década de 1640 y se encuentra entre los primeros altares instalados en la iglesia. Su diseño es típico del barroco de principios del S. XVII. El retablo de piedra dorado consta de dos columnas helicoidales a cada lado del altar, similares a las columnas salomónicas de Bernini diseñadas para el baldaquino de la basílica de San Pedro en la década de 1630. La pintura del altar, que representa al Arcángel San Miguel, muestra la nueva iconografía que se dio al santo tras la Reforma católica. La pintura de la luneta representa la Aparición de San Miguel en el Monte Gargano.

Los monumentos funerarios del interior de esta capilla pertenecen al Gran Maestre Antonio de Paula, que gobernó entre 1623 y 1636, y al Gran Maestre Jean Lascaris Castellar, que lo hizo entre 1636 y 1657. En el centro de la cúpula se muestra el escudo de armas de Gran Maestre La Cassiere; una corona imperial acompañada de flores de lis simboliza a los Caballeros franceses de la lengua de Provenza.

4. La capilla de la Lengua de Francia

La capilla está dedicada a San Pablo Apóstol. Su primera ornamentación se introdujo durante el reinado del Gran Maestre francés Alof de Wignacourt, en 1614, como anuncia el friso bajo la cornisa. Entre 1663 y 1668 se tallaron las paredes y se instaló un nuevo altar. La pintura del altar es obra de Mattia Preti, y representa la

Conversión de San Pablo, encargo recibido en 1668. Las pinturas de las lunetas representan el Naufragio de San Pablo en Malta y la Decapitación de San Pablo en Roma y son obras de un artista anónimo. La capilla fue profusamente tallada y decorada con motivos de flor de lis dorados, símbolo de la corona francesa.

La capilla fue redecorada en 1838, durante un movimiento que pretendía reformar el arte cristiano. Así, se simplificaron los tallados de las paredes para incorporar, entre las flores de lis, una corona lisa y la cruz de ocho puntas. El altar fue sustituido por una sencilla y elegante versión en mármol blanco. La capilla cuenta con cuatro monumentos funerarios donde reposan el Vizconde de Beaujolais, hermano del Rey Luis Felipe de Francia, el Gran Maestre Adrien de Wignacourt, el Gran Maestre Fray Emmanuel de Rohan y el Marqués de Wignacourt.

5. La Capilla de la Lengua de Italia

La Capilla de la Lengua de Italia fue dedicada a Santa Catalina de Alejandría, la santa patrona de los Caballeros italianos. La ornamentación de la capilla fue costeada personalmente por Fray Francisco Sylos, embajador del Virrey de Sicilia y comandante de Palermo y Agrigento. Las paredes se decoraron alternando coronas magistrales e imperiales, la Cruz de ocho puntas de la Orden y el águila bicéfala como símbolo del Sacro Imperio Romano, junto con el monograma RC, dando cuenta de la generosidad del reinado del Gran Maestre Rafael Cotoner. El altar y el retablo, construidos en 1733, fueron diseñados por Romano Carapecchia (1666-1738). En el altar se conservan las reliquias de Santa Eufemia de Calcedonia. Las estatuas de Santa Catalina y Santa Alejandra se erigen sobre grandes ménsulas con volutas, a ambos lados del altar.

El retablo representa El matrimonio místico de Santa Catalina, y es obra de Mattia Preti, quien lo pintara hacia 1670. Las pinturas de las lunetas son obras de mediados del S. XVII y representan a Santa Catalina conversando con los filósofos y El martirio de Santa Catalina, de autor desconocido. Las pinturas laterales que cuelgan bajo las lunetas representan a La Magdalena penitente, de autor desconocido; San Jerónimo, de Michelangelo Merisi da Caravaggio fue la otra pintura inicialmente colgada enfrente. Ambas pinturas formaban parte de la colección propiedad de Fray Hipólito Malaspina, importante miembro de la Orden que las donara a la iglesia de San Juan tras su muerte en 1624. La pintura original que representa a San Jerónimo se conserva en el Oratorio.

6. Pasillo

El pasillo conduce a los visitantes desde la entrada de Republic Street hasta la nave principal.

7. La capilla de la Lengua de Alemania

La Lengua de Alemania incluía los prioratos de Austria, Noruega, Suecia, Dinamarca, Suiza, Polonia, Hungría, Alsacia y Holanda. La ornamentación de esta capilla comenzó en 1664, con los elaborados tallados de las paredes que incluían el águila bicéfala adoptada por la Lengua alemana.

Entre los benefactores de esta capilla se cuentan Fray Christian von Osterhausen, que inició la decoración de la capilla, el Barón Fray Wolfgang von Guttenberg y Fray Francis de Sonnemberg, Prior de Hungría. Los escudos de armas del Gran Maestre Ramón Perellos y Roccaful del Arzobispo Príncipe de Salzburgo Juan Ernest von Thun también están tallados en las paredes.

8. Pasaje hacia la sacristía

Este paso conduce hasta la sacristía de la nave principal

9. Sacristía

La Sacristía principal de San Juan se construyó inicialmente en 1598, mientras que el interior de la misma fue renovado en 1758, como regalo del Gran Maestre Pinto (1741-1773).

10. Nave principal

La gran nave rectangular está cubierta por una imponente bóveda de cañón, reforzada con capillas laterales a ambos lados. Durante algunos años estuvo adornada de forma sencilla, en línea con la fachada actual. Pero con el despertar de la Contrarreforma se embelleció su interior en el estilo barroco prevalente en el s. XVII, con abundante material expresivo y ostentoso. En la segunda mitad del siglo, durante el reinado del Gran Maestre Nicolas Cotoner, impulsor de la ornamentación de la iglesia, se realizaron importantes proyectos de decoración. Se asignaron las capillas laterales a las varias Lenguas, según su antigüedad; el entusiasmo de los Caballeros por engalanar sus capillas llevó a transformar el interior de éstas en ejemplos únicos del arte barroco.

Con el amplio programa de ornamentación emprendido fue enorme el número de obras de arte que llegaron a la iglesia. Todos los Grandes Maestres se sentían orgullosos de su iglesia conventual y ofrecían regalos de gran valor a la misma. Pueden verse diversos escudos de armas pertenecientes a miembros aristocráticos de la Orden de San Juan, especificando sus aportaciones.

Después de la decoración de la bóveda, el cambio más significativo que transformó la iglesia en una sinfonía de esplendor barroco fueron los tallados de las paredes. Las planas paredes de la nave y las capillas fueron talladas con elaborados motivos propios de la decoración barroca, transformando dichas paredes en una explosión de hojas doradas, flores, ángeles y símbolos triunfales de todo tipo. Las columnas que soportan la nave central fueron recubiertas con el mármol verde más refinado, mientras que en la parte superior puede verse el escudo de armas del Gran Maestre Nicholas Cotoner.

11. Santuario y Altar Mayor

Se trata del centro de atención de la iglesia, ya que alberga el altar mayor. Ha sido enriquecido con diversos regalos de Grandes Maestres y Caballeros. El santuario ha experimentado cambios siguiendo las reformas litúrgicas tridentinas, como la elevación del altar mayor para hacerlo visible por toda la congregación. En 1703 el ábside fue decorado con grandes figuras de mármol que representan el Bautismo de Cristo por Juan Bautista. Es obra del escultor italiano Giuseppe Mazzuoli. El altar mayor, en el centro del santuario, es una obra maestra realizada en mármoles poco habituales; fue regalo del Gran Maestre Carafa en 1685. El friso que recorre el altar incluye los símbolos de los cuatro evangelistas, las llaves como símbolo de San Pedro y el códice y la espada de San Pablo. El motivo central muestra la Última Cena, íntegramente realizada en bronce dorado, completada con lapislázuli.

La lámpara de plata del Santuario es una pieza excepcional, regalo de Fray Vincenzo Rospigliosi, en 1669. El llamativo diseño muestra el estilo barroco y la riqueza de los Caballeros durante el s. XVII.

12. La Capilla de Nuestra Señora de Filermo

La primera capilla del lado sur de la iglesia, dedicada a la Virgen María, fue la primera dedicada a una devoción concreta. La capilla albergaba el icono de la Virgen de Filerimos que los Caballeros habían traído consigo desde Rodas. Considerado milagroso, el icono atrajo gran devoción, especialmente antes de las batallas, cuando los caballeros se congregaban y rezaban para la intercesión de la Virgen María. A su regreso victorioso seguían reuniéndose en la capilla, agradeciendo y presentando las llaves de las fortalezas conquistadas a la Virgen. Las llaves de la fortaleza de Lepanto, Passava, Hammet y Patras todavía se encuentran en esta capilla. Cuando las tropas de Napoleón tomaron posesión de Malta en 1798, el Gran Maestre Ferdinand von Hompesch abandonó la isla llevándose consigo el icono. Éste fue trasladado a San Petersburgo, permaneciendo en paradero desconocido durante décadas hasta su redescubrimiento en Montenegro. En la actualidad, se exhibe en su Museo de Bellas Artes.

El icono que está actualmente en la capilla representa a la Virgen de Lanciano, conocida como Virgen de Carafa. Dicho icono se encuentra en un retablo de preciosos mármoles, instalado durante el reinado del Gran Maestre Jean Paul Lascaris Castellar, cuyo escudo de armas puede verse en la parte superior del altar. El santuario interior se cierra por una puerta de plata, instalada en 1752. Las paredes fueron talladas por fases, entre 1645 y 1660, con motivos de gran significado simbólico, algunos de los cuales son atributos de la Inmaculada Concepción, y otros títulos de la Virgen María. Entre los benefactores se encuentran destacados Caballeros, como Fray Tomás Hozzes y Fray Flaminio Balbiano.

13. La Capilla de la Lengua de Auvernia

La capilla de la Lengua de Auvernia fue dedicada a San Sebastián, como demuestra el retablo. De artista desconocido, la pintura revela a un autor interesado en combinar la tradición manierista y el claroscuro de Caravaggio. Las pinturas de la luneta muestran escenas de la vida de San Sebastián. El retablo con sus columnas helicoidales forma parte de las primeras instalaciones realizadas en la iglesia, en las primeras décadas del s. XVII.

Las paredes de la capilla están talladas con guirnaldas de flores en señal de la prosperidad que tuvo la Orden. El delfín coronado simboliza la Lengua de Auvernia. La ornamentación de la capilla se debe al benefactor Fray Jean de la Baume de Foursat. La inscripción del friso data de 1667 y narra su dedicación a esta capilla.

El único Gran Maestre enterrado en esta capilla es Fray Annet de Clermont de Chattes Gessan, recordado por sus virtudes militares durante varias batallas con los turcos.

14. La Capilla de la Lengua de Aragón

La capilla de la Lengua de Aragón incluía los prioratos de Cataluña y Navarra y estaba dedicada a San Jorge. Se trata de una de las capillas más ricamente decoradas de la iglesia. Su retablo representa a San Jorge a lomos de un caballo y es obra de Mattia Preti. Las pinturas laterales que representan a San Francisco Javier y San Fermín y las pinturas de las lunetas, que representan El encuentro de San Lorenzo con el Papa Sixto II camino del martirio y El Martirio de San Lorenzo, también son obras de Preti. El altar de mármol y su entorno fueron rediseñados en el s. XVIII, durante el reinado del Gran Maestre Ramón Despuig, cuya efigie se muestra en la base de las columnas de mármol.

En esta capilla se encuentran enterrados cuatro Grandes Maestres. Los monumentos funerarios próximos al altar son del Gran Maestre Martín de Redín, que gobernó de 1657 a 1660, y del Gran Maestre Rafael Cotoner, que lo hizo entre 1660 y 1663. El Gran Maestre Rafael Cotoner fue sucedido por su hermano Nicolás, cuyo monumento también se encuentra en la capilla. El otro monumento pertenece al Gran Maestre Perellos y Roccaful, que reinó entre 1697 y 1720.

La capilla recibió importantes reliquias traídas a Malta por los caballeros. Entre ellas se encuentra el brazo de San Jorge, el brazo de San Vicente Ferreri, una reliquia de la Vera Cruz y todo el cuerpo de San Fidel mártir, que se conserva en el altar de la capilla.

15. Pasaje hacia la Librería

En el paso hacia la librería hay más lápidas de mármol. Entre las diversas personalidades a las que se recuerda en esa área se encuentra la lápida más antigua de San Juan, en mármol, que corresponde a Fray Jacques de Virieu Pupetières, fallecido en 1608.

16. La Capilla de la Lengua de Castilla, León y Portugal

La capilla de la Lengua de Castilla, León y Portugal está dedicada al santo patrón de España, Santiago. Los tallados de la pared y los dorados fueron encargados en 1661. La pintura del altar principal es obra de Mattia Preti y representa a Santiago el Mayor. La limitada paleta consiste básicamente en colores terrosos, lo que, junto a su trazo exquisito, la convierten en una obra maestra del arte barroco. Las pinturas de la luneta representan a Santiago derrotando a los moros, Santiago y la Virgen del Pilar y Santiago el Mayor, obras también de Mattia Preti.

En esta capilla están enterrados dos Grandes Maestres. Cerca del altar se encuentra el monumento funerario del Gran Maestre portugués Anton Manoel de Vilhena, que gobernó entre 1722 y 1736; es obra del escultor florentino Massimiliano Soldani Benzi. El otro monumento conmemora al Gran Maestre Pinto de Fonseca, quien reinara entre 1742-1773.

17. Paso hacia el oratorio

Este paso conduce desde la nave principal hasta el oratorio.

18. Oratorio

El Oratorio consta de una amplia estructura rectangular construida entre 1602 y 1605, durante el reinado del Gran Maestre Alof de Wignacourt. La cámara fue dedicada al Martirio de San Juan Bautista, sirviendo como lugar de devoción para los novicios. El Oratorio también fue utilizado por la Confraternidad de la Misericordia. En 1607, Michelangelo Merisi da Caravaggio recibió el encargo de la pintura del retablo que representa la Decapitación de San Juan Bautista. En el Oratorio se exhibe otra obra maestra de Caravaggio, San Jerónimo escribiendo. Durante muchos años, la configuración de la cámara siguió siendo sencilla y sin más adorno que la pintura de Caravaggio. La decoración actual se realizó entre 1679 y 1690, con los tallados dorados de la bóveda y el arco en el ábside, y el techo de madera dorada de estilo veneciano, con tres escenas de la Pasión de Cristo en la estructura. Los paneles inferiores de la bóveda representan a dos de los fundadores de la Orden, mientras que las paredes laterales están adornadas por ocho pinturas de santos. Las pinturas son obra de Mattia Preti. Durante este periodo también se colocó el altar, donado por el Maestre Carafa, con un tondo de Ciro Ferri recubierto de bronce en el que se representa la decapitación de San Juan. Otras destacables obras de arte del Oratorio son la cabeza tallada en mármol de San Juan Bautista, atribuida al escultor francés Pierre Puget, y un excepcional órgano del s. XVI en el palco. La balaustrada con incrustaciones de mármol y el revestimiento de mármol del interior se remontan a la década de 1740.