Las lápidas de mármol incrustado que cubren el suelo son una singular característica de la iglesia de San Juan: todo el suelo de la nave, de las capillas y del oratorio está cubierto de lápidas que conmemoran a algunos de los más ilustres Caballeros de la Orden, varios de los cuales eran miembros de poderosas familias aristocráticas europeas. Con el rango de grandes priores, almirantes y bailíos, entre otros, solían referirse a ellos como Hermano Ilustrísimo del Señor [Illustrissimus Dominus Frater].
Los epitafios en latín describen las virtudes de cada Caballero. Todas las lápidas llevan mensajes de triunfo, fama, victoria y muerte. Los símbolos utilizados, tanto eclesiásticos como profanos, vibran en un lenguaje visual de color y diseño. Uno de los símbolos más populares es la imagen de la muerte, representada como un esqueleto que a menudo lleva una hoz y un reloj de arena, para indicar el paso del tiempo. Otro símbolo común es el ángel de la fama, normalmente tocando una trompeta como símbolo de la honorable reputación del fallecido. Coronas y diademas identifican a los Caballeros más nobles. Los símbolos se acompañan de escudos heráldicos y armas que van desde estandartes de combate hasta alabardas, yelmos y corazas. Todas las lápidas se realizaron siguiendo diseños originales de mármol de color incrustado. Datan desde principios del S. XVII hasta finales del S. XVIII.